Быстрый и эффективный способ идентификкации микросателлитной ДНК у малоисследованных видов животных на примере семиреченского лягушкозуба

УДК:  575.174.015.3: 577.29

Автор статьи:  Ахметоллаев И.А.

Соавторы:  Исмагулова ГГ.А., Айтхожина Н.А.

Место работы автора:  Институт молекулярной биологии и биохимии им. М. А. Айтхожина МОН РК

Название журнала:  Вестник Павлодарского государственного университета. Серия химико-биологическая

Год выпуска:  2010

Номер журнала:  3

Страницы:  с. 113-121

Резюме на казахском языке:  Гипервариаболді микросателлитті ДНЌ фрагменттері популяция мен түрлер арасындағы туыстықты анықтау мен геномды картирлеуді, популяциялық және эволюциялық биологияны молекулярлы-генетикалық зерттеу барысында айтарлықтай үлес қосты.Ќұрамында (AG)12, (TG)12, (AAC)6, (AAG)8, (AAT)12, (ACT)12, (ATC)8, (AAAC)6, (AAAG)6, (AATC)6, (AATG)6, (ACAG)6, (ACCT)6, (ACTC)6 және (ACTG)6 микросателлиты бар ДНЌ фрагменттерін алуға, клондауға және алғашқы құрылысын анықтауға ат салыстық. Биотинилді зондармен стрептоавидин имобилизденген магнитті бөлшектер арқылы шегеру өткізілді. Сиквенирлеу барысында құрамында динуклеотидты қайталанулары бар Ranodon sibiricus ДНЌ фрагменттерін амплификациялау үшін Ran1 праймерлері синтезделді және фланктаушы микросателлиттер локустарының нуклеотидты реттiлiктері анықталды.

Резюме на английском языке:  DNA hypervariable microsatellite regions typing has a crucial impact on molecular genetics in population and evolutionary biology, genotyping relationship determination of species and populations. We have had an effort to obtain, clone and characterize primary structure of the following DNA microsatellite loci (AG)12, (TG)12, (AAC)6, (AAG)8, (AAT)12, (ACT)12, (ATC)8, (AAAC)6, (AAAG)6, (AATC)6, (AATG)6, (ACAG)6, (ACCT)6, (ACTC)6 and (ACTG)6. Exclusion was performed with biotinylated magnetic particles that contain immobilized streptovidin. Sequence results determined microsatellites’ flanking regions and Ran1 primers synthesis. Ran1 primers were used to amplify Ranodon sibiricus DNA containing dinucleotide repeats.

Список литературы:  
1. Goldstein D.B. and Pollock D.D. Launching microsatellites: a review of mutation processes and methods of phylogenetic inference.// Journal of Heredity. 1997. V.88. P.335-342.
2. Jeffreys A.J, Bois Ph., Buard J. et al. Spontaneous and induced minisatellite instability.// Electrophoresis. 1997. V. 18. P. 1501-1511.
3. Ellegren H. Microsatellite mutations in germline: implications for evolutionary inference.// Trends in Genetic. 2000. V. 16. P. 551-558.
4. Moore, S. S. Sargeant, L. L., King, T. J., Mattick, J. S., Georges, M. and Hetzel, J. S. (1991). The conservation of dinucleotide microsatellites among mammalian genomes allows the use of heterologous PCR primer pairs in closely related species. Genomics 10, 654-660.
5. Pepin, L., Amigues, Y., Lepingle, A., Berthier, J., Bensaid, A. and Vaiman, D. (1995). Sequence conservation of microsatellites between Bos Taurus (cattle), Capra hircus (goat) and related species. Examples of use in parentage testing and phylogeny analysis. Heredity 74, 53-61.
6. Primmer, C. R., Moller, A. P. and Ellengren, H. (1996). A wide-range survey of cross species microsatellite amplifications in birds. Mol Ecol 5, 365-378.
7. Zhu, Y., Queller, D. C. and Strassmann, J. E. (2000). A phylogenetic perspective on sequence evolution in microsatellite loci. J Mol Evol 50, 324-338.
8. Tautz, D. (1989). Hypervariability of simple sequences as a general source for polymorphic DNA markers. Nucleic Acids Res 17, 6463-6471.
9. Weber, J. L. and May, P. E. (1989). Abundant class of human DNA polymorphisms which can be typed using the polymerase chain reaction. Am J Human Genet 44, 388-396.
10. Weissenbach, J., Gyapay, G., Dib, C., Vignal, A., Morissette, J., Millasseau, P., Vaysseix, G. and Lathrop, M. (1992). A second-generation linkage map of the human genome. Nature 359, 794-801.
11. Ostrander, E. A., Jong, P. M., Rine, J. and Duyk, G. (1992) Construction of small-insert genomic DNA libraries highly enriched for microsatellite repeat sequences. Proc Nat Acad Sci, USA 89, 3419-3423.
12. Armour, J. A. L., Neumann, R., Gobert, S. and Jefferys, A. J. (1994). Isolation of human simple repeat loci by hybridization selection. Human Mol Gen 3, 599-605.
13. Kandpal, R. P., Kandpal, G. and Weissman, S. M. (1994). Construction of libraries enriched for sequence repeats and jumping clones, and hybridization selection for region-specific markers. Proc Nat Acad Sci, USA 91, 88-92.
14. Kijas, J. M. H., Fowler, J. C. S., Garbett, C. A. and Thomas, M. R. (1994). Enrichment of microsatellites from the citrus genome using biotinylated oligonucleotide sequences bound to streptavidin-coated magnetic particles. BioTechniques 16, 656-662.
15. Hamilton, M. B., Pincus, E. L., DiFiore, A. and Fleischer, R. C. (1999). Universal linker and ligation procedures for construction of genomic DNA libraries enriched for microsatellites. BioTechniques 27, 500-507.

Электронный вариант:  скачать



 


Последние Новости

  • 28.11.2012

    Казахстанская общенациональная пробная подписка на IEEE/IET

  • 20.12.2011

    В шаге от цели «Smart»

  • 20.12.2011

    Инновационный прорыв региона

Форма Авторизации

ВойтиВойти
  • Забыли пароль?